Да, нужно.
Доходы, которые не облагаются НДФЛ в пределах установленного лимита, отразите в регистре в полной сумме. Это нужно, чтобы контролировать лимит.
Например, не облагают НДФЛ подарки стоимостью не больше 4000 руб. в год (п. 28 ст. 217 НК РФ). Если сотрудник получил от организации подарок в марте стоимостью 2000 руб., в мае – стоимостью 2000 руб., и в июне – стоимостью 2000 руб., все эти суммы укажите в регистре. Общая сумма подарков за год составит 6000 руб. и превысит установленный лимит. Но в этом случае НДФЛ удержите только с разницы в 2000 руб. (6000 руб. – 4000 руб.). Аналогичные разъяснения содержатся в письме Минфина России от 2 марта 2012 г. № 03-04-06/9-54.